Inzwischen habe ich “leider” ein paar neue Rechnerteile, woraufhin ich auch Windows ganz neu installieren mußte, und jetzt rennt der Flashplayer eh erstmal wie sonstwas. Keine Ahnung, ob das Problem also je wieder auftauchen wird. Naja, die Festplatte ist immerhin noch dieselbe, also könnte es sein.

Da stellt man sich doch die Frage: Müsste denn dieses Problem über kurz oder lang nicht wieder auftauchen? Immerhin hat man ja am System nichts verändert. Es wird wohl kaum einen neuen IRQ zuweisen.
Was sein KÖNNTE: Bei jedem Fehler, den Windows mit der Platte feststellt, erhöht sich ein interner Zähler, der ab einer bestimmten Zahl den Übertragungsmodus (U-DMA) heruntersetzt. Weist die Platte physikalische Fehler auf, kommt man irgendwann beim PIO Modus an, welcher ein Arbeiten dann nahezu unmöglich macht.
Da ich dieses Ruckel-Problem noch nie hatte, würde mich interessieren, ob Deine Festplatte (sollte das Problem bei Dir nochmal auftreten) im Übertragungsmodus reduziert wurde. Unter den Eigenschaften des PrimärenIDE Kanals kann man den aktuellen Übertragungsmodus einsehen.